Dans le contexte actuel de changement climatique, d'insécurité alimentaire, de croissance démographique, d'impact négatif sur l'environnement et les ressources naturelles et de perte de biodiversité, l'agriculture évolue rapidement. Une grande importance est désormais accordée aux processus écologiques se produisant au sein des agrosystèmes, dans ce qu'on appelle l'agroécologie. Généralement, les pratiques agroécologiques reposent sur la manipulation de la biodiversité aérienne, sur la gestion de la matière organique comme principale source de nutriments et sur la réduction du travail du sol. Peu d'attention est accordée aux processus écologiques du sol (fonctions du sol) et à la biodiversité souterraine dans les pratiques agricoles malgré leur potentiel élevé reconnu pour améliorer la prestation de services écosystémiques et promouvoir simultanément plusieurs fonctions écosystémiques. La restauration des fonctions du sol est particulièrement pertinente pour les petits exploitants agricoles tropicaux qui développent leurs cultures sur des sols fragiles et pauvres, avec de faibles intrants chimiques disponibles et dans le cadre du changement climatique. Les projets SECuRE et Innov'Earth, financés par la Fondation Agropolis, visent à proposer des pratiques de fertilisation des sols adaptés au contexte des Hautes Terres de Madagascar, permettant à la fois une amélioration de la performance agronomique, une restauration des propriétés du sol et une perception positive de la part des agriculteurs. Ces projets se basent à la fois sur des recherches scientifiques et des approches participatives.